Im September 1943 begann der Neuaufbau des Buch- und Zeitschriftenbestandes, zunächst im geräumten Westflügel des Johanneums, nach dessen Zerstörung im Juni 1944 in einem Schulgebäude in der Ahrensburger Straße im zerstörten Wandsbek.

Unterstützung erhielten kriegsgeschädigte Bibliotheken von der Reichstauschstelle und dem Beschaffungsamt der Deutschen Bibliotheken in Berlin, die geschlossene Privatbibliotheken unterschiedlicher Herkunft und funktionslos gewordene öffentliche Bibliotheksbestände vermittelten. So erhielt die Bibliothek der Hansestadt z.B. den Büchereibestand des Königlich Preußischen Medizinalregiments Magdeburg und die Privatbibliothek des bedeutenden Geographen Albrecht Penck.

Durch Kauf, Geschenke und administrative Überweisung innerhalb Hamburgs flossen bald nach der Zerstörung umfangreiche Buchbestände in die Bibliothek: etwa 30.000 Bände aus ehemals jüdischem Besitz, vom Staatsarchiv und vom Welt-Wirtschafts-Archiv jeweils über 10.000 Bände. Im Zuge einer „Zentralisation von am Ort im öffentlichen Besitz befindlichen Bücherbeständen“ (H. Tiemann) kamen Grundbestände wie Bibliographien, Enzyklopädien und Zeitschriften zusammen (z.B. aus der ehemaligen Altonaer Stadtbibliothek, dem Überseeinstitut, der Bibliothek des Wehrkreises 10, der Navigationsschule, aus Gerichtsbibliotheken, etlichen Seminaren der Universität sowie 40.000 Bände aus Schul- und Lehrerbibliotheken - bedeutsam v.a. der Altbestand des Christianeums). Gezielt wurden Privatbibliotheken, so die Hamburgensien-Bibliothek von August Kasch mit über 10.000 Titeln, erworben und Vorkaufsrechte auf Professorenbibliotheken, z.B. des Völkerkundlers Georg Friederici, gesichert.

Bis Kriegsende war der Bestand wieder auf rund 367.000 Bände vermehrt, allerdings kaum benutzbar, weil auf verschiedene Gebäude verteilt, vielfach ungeordnet und größtenteils unkatalogisiert. Organisatorisch unternahm die Bibliothek in mehrfacher Hinsicht einen Neuanfang:

  • Aufstellung der Bücher nicht mehr systematisch, sondern nach Formaten getrennt im Numerus currens des Bucheingangs
  • Zettelkatalog mit Titeldruck
  • Beginn eines Schlagwortkatalogs und eines neuen Systematischen Katalogs
  • Hamburger Zentralkatalog.

Mit Nachdruck betrieben die Verantwortlichen eine „enge räumliche Verbindung mit dem Leben der Stadt und der Universität“ (H. Tiemann 1946). Die Überlassung des ehemaligen Wilhelm-Gymnasiums an der Moorweidenstraße durch die Kulturverwaltung schuf dafür die Voraussetzung. Am 19. November 1945 wurden dort die ersten Leseräume für das Publikum eröffnet.

Das Gebaeude des Wilhelm-Gymnasiums 1945.png

Das Gebäude des Wilhelm-Gymnasiums 1945